自闭症多指孤独症，发病原因至今未明，可能与遗传、免疫系统异常、神经递质异常，以及脑干萎缩、脑叶萎缩等原因有关，另外还可能与母亲在孕期吸烟、饮酒等有关。
1、遗传：孤独症的起因，可能与遗传因素有关，如果父母双方或一方患有孤独症，其后代患孤独症的几率会比较高;
2、免疫系统异常：如果母亲在孕期出现免疫系统异常，如患有自身免疫性溶血性贫血、系统性红斑狼疮等疾病，或者患有干燥综合征、桥本甲状腺炎等自身免疫性疾病，可能会增加婴儿患孤独症的风险;
3、神经递质异常：如果母亲体内的神经递质出现异常，如5-羟色胺神经递质或γ-氨基丁酸抑制系统异常等，也可能会增加婴儿患孤独症的风险;
4、脑叶萎缩：如果婴儿存在脑叶萎缩的情况，可能会使负责管理情绪和记忆力的相关脑组织减少，导致大脑无法正常运作，从而增加孤独症的风险;
5、脑叶萎缩：如果婴儿存在脑叶萎缩的情况，可能会使负责管理情绪和记忆力的相关脑组织减少，导致大脑无法正常运作，从而增加孤独症的风险。
除此之外，还可能与母亲在孕期吸烟、饮酒等有关。如果母亲在孕期吸烟、饮酒，也可能会使婴儿体内的一氧化碳和尼古丁含量增多，影响氧气与血红蛋白的结合，从而导致婴儿大脑缺氧，引起大脑萎缩。还可能与婴儿所处的环境有关，如果所处的环境不卫生、嘈杂，也可能会造成婴儿大脑发育异常，从而增加孤独症的风险。
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