两法衔接机制主要存在以下问题：
1、两法衔接机制法律法规不健全，影响了两法衔接机制的运作效果。目前我国关于“两法衔接”机制的框架主要单一行政法规、部级规章等法规性文件组成，法律位阶较低，约束力不强，缺乏可操作性。
2、责任追究机制不完善，致使监督缺少强制力，造成行政执法机关重视不足，难以取得实效。
3、行政执法与刑事司法存在着证据上不衔接问题。刑诉法对证据有严格的主体规定，行政机关作为行政处罚的主体收集的证据能否直接作为刑事司法的证据，缺乏法律依据，刑事司法机关往往不予采信，需重新收集，这就增加了工作强度，且有些行政机关执法人员证据意识不强，未能及时采取合法有效方式固定收集证据，导致有些证据无法再收集。
4、“以罚代刑”的思想及地方保护、部门利益的驱动。出于对本单位的利益的考虑，行政执法机关在执法过程中将查处的涉嫌犯罪的案件进行罚款等行政处罚方式处理，而不移送司法机关启动刑事诉讼程序，依法追究刑事责任。
资料来源于金明源两法衔接，望采纳！！
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