凌晨三点多肚子痛醒，可能是阑尾炎、上消化道疾病、胆道疾病、胰腺疾病等各种器质性疾病引起的病变表现。
1、阑尾炎：细菌等病原体侵及阑尾及其周围组织，可能会引起阑尾炎病变，局部组织出现充血水肿、渗出，就可能引起凌晨3点多肚子痛醒、发热、恶心、呕吐等症状。
2、上消化道疾病：在患者出现胃炎、胃溃疡、十二指肠炎、十二指肠溃疡、胃穿孔、十二指肠穿孔、胃癌等各种上消化道疾病时，病变局部组织受到明显损害，就可能引起患者在凌晨三点多出现肚子痛醒，伴有恶心、呕吐、反酸等症状。
3、胆道疾病：如果患者出现胆石症、胆囊炎、胆道恶性肿瘤占位性疾病等各种胆道疾病时，胆囊及其周围组织受到明显破坏，就可能引起凌晨3点多出现肚子痛醒，可伴有黄疸、恶心、呕吐、腹胀、腹泻等症状。
4、胰腺疾病：如果患者出现胰腺炎、胰腺癌等胰腺疾病，胰腺组织受到明显破坏，也可能引起凌晨三点多出现肚子疼痛，有时可伴有恶心、呕吐、腹泻等症状。
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